La cellule est une entité microscopique, distincte et séparable, définie par une limite physique, une frontière qui la sépare des autres cellules ou du milieu environnant et par un plan d'organisation interne précis. C'est l'assemblage ordonné de certains composés organiques qui sert de support à cette architecture.
La cellule est l'unité de vie. Elle est douée d'activités. Les activités se traduisent par la réalisation d'un certain nombre de fonctions qu'elle exerce de façon autonome mais toujours en étroite collaboration avec le milieu environnant, cellulaire ou inerte.
L'autonomie fonctionnelle repose sur des réactions chimiques entre molécules libres, simples ou complexes, monomères ou polymères de la matière séquestrée, endogène ou fournies par le milieu. L'ensemble de ces réactions constitue le métabolisme de la cellule. Les unes sont des réactions de synthèse (anabolisme), les autres, des réactions de dégradation (catabolisme). Les liaisons interatomiques en sont les cibles. Les premières les établissent, les secondes les rompent. Les liaisons sont des pourvoyeurs d'énergie. Leur établissement nécessite de l'énergie. Leur rupture en libère. Les transformations énergétiques sont donc au centre de l'activité cellulaire. La cellule est un système thermodynamique. Les réactions cataboliques, qui libèrent de l'énergie libre (enthalpie libre), utilisable et convertible (réactions exergoniques) sont les moteurs thermodynamiques des réactions qui l'utilisent et la convertissent (endergoniques). Le couplage énergétique est donc le principe de fonctionnement de ce système. L'ATP, adénosine triphosphatée, nucléotide à adénine, est au centre des couplages. C'est la devise que la cellule utilise pour régler le coût énergétique engagé par les différents aspects de son activité : synthèses, transports actifs et mouvements. La cellule est un laboratoire miniature particulièrement performant. Elle agit vite et à des températures compatibles, relativement faibles. Les vitesses de réaction sont optimisées. Des catalyseurs organiques, les enzymes, les accélèrent.